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고등군사법원(高等軍事法院)은 군사법원법에 따라 2심재판을 행하는 군사법원이다. 일반법원의 고등법원에 해당한다. 대한민국의 고등군사법원은 재판관 5인으로 구성한다. 또한 대한민국 국방부에 설치되어 있다. 이 법원에서의 판결은 일반 고등법원 판결과 동일한 효력을 가지며, 피고인의 신분이 현역에서 제외되어도 그 결과 기록은 소멸하지 않는다. 이 법원 판결의 상고심은 대한민국 대법원에서 관할한다.
이 기관의 수장인 고등군사법원장은 차관급 예우를 직접적으로 받지는 않고, 군 계급(준장)에 따른 예우를 받는다.
고등군사법원 홈페이지 법원소개항목 군사법원법(법률 제9841호) 제6조 제1항
기능 제1심 재판에 대한 항소·항고사건 및 기타 법률에 의하여 고등군사법원의 권한에 속하는 사건에 대한 재판
연혁 1994.07.01 고등군사법원 국방부에 설치 (국방부 및 각군의 고등군사법원 통합)
대법원장은 3부요인급, 대법관은 장관급, 그 외 고등법원 부장판사급 이상의 법관은 차관급으로 예우받는다.
고등법원 부장판사급 이상의 법관은 사법연수원장, 사법정책연구원장, 각 고등법원장(5명), 특허법원장, 각 지방법원장(18명), 각 가정법원장(6명), 서울행정법원장, 서울회생법원장, 법원행정처 차장, 대법원 수석재판연구관 및 선임재판연구관, 법원도서관장, 대법원장비서실장, 법원행정처 실장, 사법연수원 수석교수, 사법정책연구원 수석연구위원, 고등법원 및 특허법원 부장판사, 서울중앙·인천·수원·대전·대구·부산·광주지방법원지방법원의 수석부장판사 등이다.
법원행정처장은 대법관 중 1인이 겸직하며 재판에는 관여할 수 없다. 특허 관련 1심은 특허청특허심판원에서 담당하며 품종 관련 심판은 농림축산식품부품종보호심판위원회에서 한다.