총 52개 국에서 76개 팀이 UEFA 챔피언스리그 2008-09에 참여한다.(리히텐슈타인은 국내 리그 대회가 없다.) 각 국가들에게 배정된 출전권은 모두 2008-09시즌의 UEFA 대회에 대한 UEFA 점수에 의해 결정되었다. 전년도 우승 팀의 참가는 맨체스터 유나이티드 FC가 프리미어리그 우승 팀 자격으로 조별리그에 참가하기 때문에 사용되지 않는다.
아래는 2008-09 챔피언스리그 예선 계획이다.
4팀 출전 - 1~3위 협회 (스페인, 잉글랜드, 이탈리아)
3팀 출전 - 4~6위 협회 (프랑스, 독일, 포르투갈)
2팀 출전 - 7~15위 협회 (루마니아, 네덜란드, 러시아, 스코틀랜드, 우크라이나, 벨기에, 체코, 터키, 그리스)
1팀 출전 - 16~53위 협회
1차 예선전
(28팀)
28팀 - 25~53위 협회의 리그 우승 팀
2차 예선전
(28팀)
14팀 - 1차 예선전의 승리팀
8팀 - 17~24위 협회의 리그 우승 팀(스위스, 노르웨이, 이스라엘, 세르비아, 덴마크, 오스트리아, 폴란드, 헝가리)
2008년6월 4일, 올해 대회의 포르투갈 우승 팀인 포르투를 제외시키기로 결정하였다. 이는 2003-04시즌에 포르투갈 리가에서 심판에게 뇌물을 준 혐의가 밝혀졌기 때문이다.[2] 그 결과, 비토리아 기마레스가 3차 예선전에서 조별리그로 올라가게 되었고, 벤피카가 UEFA컵 3차 예선전으로 올라가게 되었다. 그러나 포르투가 이 결정에 대해 항소를 하자, UEFA의 항소심 위원회는 결정을 미루고, 조정 및 징계 위원회의 재평가를 요청하였다.[3] 이 상황에 대한 재평가를 위한 회의가 2008년6월 16일에 열렸는데, 이 회의에서 포르투에 대한 결정이 번복되어 포르투의 2008-09시즌의 챔피언스리그 참가가 다시 허용되었다. 이는 포르투의 포르투갈 내에서의 징계 과정이 아직 완료되지 않았기 때문에 포르투의 참가 결정으로 번복되었던 것이다.[4]
불가리아 챔피언인 CSKA 소피아는 다양한 정부부처와 채권자들에 대한 채무로 인해[5] 대회에 참여할 수 있는 UEFA 라이선스를 취득하지 못하였다. 따라서 CSKA 소피아의 2008-09시즌 대회 참가는 취소되었고 레프스키 소피아가 대신하여 3차 예선전에 참가하게 되었다.
8강 이하의 단계에서 탈락한 팀은 전체 승점과 골득실을 비교하여 순위를 결정하되, 아래와 같이 결정한다.
8강에서 탈락한 팀의 순위는 최고 5위에서 최저 8위이다.
16강에서 탈락한 팀의 순위는 최고 9위에서 최저 16위이다.
1라운드에서 탈락한 팀의 순위는 최고 17위에서 최저 32위이다.
결승전을 제외한 경기는 모두 홈 앤 어웨이 방식으로 치뤄지고 1,2차전 합계 전적도 같고 골득실차도 같을 경우 원정 다득점 승리방식에 의해 다음 라운드 진출팀이 가려지고 원정 다 득점도 똑같을 경우 연장전을 치르고 연장전에서 승부가 나지 않을시 승부차기를 하여 다음 라운드 진출팀을 가린다.