1948년, 전라도 지역에 4년제 기독교 대학의 설립을 추진해 오던 미국 남장로교 세계선교부 한국선교회는 1954년5월 6일 전주에서 열린 연차대회에서 대학 설립 연구 위원회를 구성하여 대전에 대학을 건립하기로 결정하였으며, 이사회장이었던 린튼(영어: William A. Linton, 한국 한자: 印敦 인돈)이 대전에 세워질 이 학교에 대한 업무를 담당하여 추진하였다.[1][2]
1956년3월, 미국 남장로교 한국선교회 유지재단에 의해 4년제 대전기독학관으로 설립되었다. 1959년4월에는 정규 대학으로 승격하였으며, 대전대학(大田大學)으로 개명하고[3] 초대 학장에 린튼이 취임하였다. 1970년9월북장로교 계열의 숭실대학과 통합, 교명을 "숭전대학"(崇田大學)으로 변경하고, 1971년1월에 발족하였다.
1972년10월에는 문교부로부터 대학교육 개선을 위한 실험대학으로 선정되었으며, 이에 따라 신입생 계열별 모집, 이수학점 140점으로 인하, 부전공제 실시 등의 정책을 시행하였다. 숭실대학과의 통합 말기에는 입학정원이 4,017명에 이르렀으나, 대전직할시 및 충청도 지역 주민들과 대학 구성원들은 독자적인 대학운영을 요구하였다. 1979년10.26 사태를 계기로 학생회가 부활하면서 캠퍼스 분리 운동이 벌어졌으며,[4] 결국 1980년4월 이사회는 숭실대학교와의 분리를 선언하였다. 1982년11월, "학교법인 대전기독학원"을 설립하였고, 1982년12월 교명을 "한남대학"으로 변경하였다. 1985년11월 종합대학교로 승격 인가되면서 교명을 "한남대학교"로 변경하였다. 총장에는 이원설 박사가 취임하였다.[1]
오정동 선교사촌은 교내에서는 인돈학술원(Linton Academy)이라 불리는 곳이며, 경상대학 뒤편에 자리잡고 있다.[5] 이곳은 1955년에서 1958년까지 선교사들이 기거했던 곳으로, 대전광역시에서는 1955년에 지어진 맨 뒤편의 세 채를 문화재자료 제 44호로 지정하여 관리하고 있다. 세 채 중 가운데의 것은 인돈학술원으로 실제로 활용하고 있다.
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