하플로그룹(Haplogroup)은 분자진화 연구에서의 단상형 유전자(haplotype)들의 큰 집단으로 염색체의 특정 위치에 있는 일련의 대립유전자들이다.
인류 유전학에서 가장 많이 연구되는 하플로그룹은 Y 염색체 DNA 하플로그룹과 미토콘드리아 DNA(mtDNA) 하플로그룹으로, 유전 집단을 정의하는 데에 사용될 수 있다. Y-DNA는 부계를 통해서만, mtDNA는 모계를 통해서만 전달된다.
