건강보험연구원 (健康保險硏究院)은 건강보험 및 의료보장에 관한 효율적 제도개선, 정책 자료의 적기 생산, 합리적인 정책대안 연구를 통해 국민의 삶의 질 높이기 위해 설립된 대한민국 보건복지부 산하 국민건강보험공단 부설 정책연구기관이다. 강원특별자치도 원주시 세계로 2에 위치하고 있다.
2000년 7월 1일 사회보장연구센터 설립
2000년 8월 21일 초대 김창엽 소장 취임
2001년 12월 10일 제2대 윤병식 소장 취임
2002년 1월 1일 건강보험연구센터 로 명칭 변경
2003년 9월 1일 제3대 이평수 소장 취임
2004년 11월 16일 제4대 이상이 소장 취임
2006년 9월 29일 건강보험연구원 으로 명칭 변경
2008년 12월 23일 건강보험정책연구원 으로 명칭 변경
2008년 12월 26일 제5대 정우진 원장 취임
2011년 6월 13일 제6대 이기효 원장 취임
2015년 10월 5일 제7대 이홍균 원장 취임
2018년 4월 5일 제8대 이용갑 원장 취임
2020년 1월 1일 건강보험연구원 으로 명칭 변경
2021년 4월 5일 제9대 이해종 원장 취임
2024년 8월 30일 제10대 장성인 원장 취임 연구행정1팀
연구행정2팀
연구행정3팀
연구행정4팀 보험급여연구센터
건강관리연구센터
의료급여연구센터(T/F) 재정분석연구센터
부과체계연구센터
국민의료비분석센터(T/F) 장기요양정책연구센터
장기요양급여연구센터
장기요양수요연구센터
통합돌봄연구센터
