SARS-CoV-2: 두 판 사이의 차이

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병원소에 대한 공신력 있는 발행된 학술 자료의 일치 정리
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=== 병원소 ===
=== 병원소 ===
최초 감염 확진된 사람이 [[우한화난수산물도매시장]]의 노동자였기 때문에 식품으로 판매하는 동물이 병원소나 매개체로 의심된다. 결국 동물과 더 큰 접촉에 노출된 셈이다. 야생 동물 판매 시장이 2003년에 사스 전염병에도 원인을 제공한 것으로 비판 받았는데, 그런 시장은 신종 병원체의 배양소로 간주된다.<ref>{{뉴스 인용|url=https://www.nytimes.com/2020/01/25/world/asia/china-markets-coronavirus-sars.html|title=China's Omnivorous Markets Are in the Eye of a Lethal Outbreak Once Again|last=Myers|first=Steven Lee|date=25 January 2020|work=[[The New York Times]]|access-date=|url-status=live|archive-url=https://web.archive.org/web/20200126091450/https://www.nytimes.com/2020/01/25/world/asia/china-markets-coronavirus-sars.html|archive-date=26 January 2020}}</ref> 해당 발병 때문에 중국의 야생 동물 거래 및 소비에 대한 일시적 금지 조치가 촉발되었다.<ref name="AP20.01.27">{{인용| title=China temporarily bans wildlife trade in wake of outbreak| url=https://apnews.com/d59f43a911996a729cdf8636f5aa4ce4| first1=Sam| last1=McNeil| first2=Penny Yi| last2=Wang| first3=Elaine| last3=Kurtenbach| date=27 January 2020| access-date=28 January 2020| archive-url=https://web.archive.org/web/20200128083156/https://apnews.com/d59f43a911996a729cdf8636f5aa4ce4| archive-date=28 January 2020| url-status=live}}</ref> 그러나 일부 연구자들은 화난 수산물 시장이 인간에 대한 바이러스 전파의 근원이 아닐 수도 있다고 암시했다.<ref name="early" /><ref>{{웹 인용|url=https://www.popsci.com/story/health/wuhan-coronavirus-china-wet-market-wild-animal/|title=We're still not sure where the Wuhan coronavirus really came from|last=Eschner|first=Kat|date=2020-01-28|website=[[Popular Science]]|url-status=live|archive-url=https://archive.md/NXjMq|archive-date=2020-01-29|access-date=2020-01-30}}</ref>
최초 감염 확진된 사람이 [[우한화난수산물도매시장]]의 노동자였기 때문에 식품으로 판매하는 동물이 병원소나 매개체로 의심된다. 결국 동물과 더 큰 접촉에 노출된 셈이다. 야생 동물 판매 시장이 2003년에 사스 전염병에도 원인을 제공한 것으로 비판 받았는데, 그런 시장은 신종 병원체의 배양소로 간주된다.<ref>{{뉴스 인용|url=https://www.nytimes.com/2020/01/25/world/asia/china-markets-coronavirus-sars.html|title=China's Omnivorous Markets Are in the Eye of a Lethal Outbreak Once Again|last=Myers|first=Steven Lee|date=25 January 2020|work=[[The New York Times]]|access-date=|url-status=live|archive-url=https://web.archive.org/web/20200126091450/https://www.nytimes.com/2020/01/25/world/asia/china-markets-coronavirus-sars.html|archive-date=26 January 2020}}</ref> 해당 발병 때문에 중국의 야생 동물 거래 및 소비에 대한 일시적 금지 조치가 촉발되었다.<ref name="AP20.01.27">{{인용| title=China temporarily bans wildlife trade in wake of outbreak| url=https://apnews.com/d59f43a911996a729cdf8636f5aa4ce4| first1=Sam| last1=McNeil| first2=Penny Yi| last2=Wang| first3=Elaine| last3=Kurtenbach| date=27 January 2020| access-date=28 January 2020| archive-url=https://web.archive.org/web/20200128083156/https://apnews.com/d59f43a911996a729cdf8636f5aa4ce4| archive-date=28 January 2020| url-status=live}}</ref> 그러나 일부 연구자들은 화난 수산물 시장이 인간에 대한 바이러스 전파의 근원이 아닐 수도 있다고 암시했다.<ref name="early" /><ref>{{웹 인용|url=https://www.popsci.com/story/health/wuhan-coronavirus-china-wet-market-wild-animal/|title=We're still not sure where the Wuhan coronavirus really came from|last=Eschner|first=Kat|date=2020-01-28|website=[[Popular Science]]|url-status=live|archive-url=https://archive.md/NXjMq|archive-date=2020-01-29|access-date=2020-01-30}}</ref>
배열된 유전체의 충분한 수로 해당 바이러스과의 변이 내력에 대한 [[계통수]]를 재구성하는 게 가능하다. 2003년 사스 전염병의 기원을 향한 연구의 결과로 관박쥐과의 관박쥐속에서 대부분 유래한 수많은 박쥐 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스 WIV1([[:en:Bat SARS-like coronavirus WIV1]])의 발견이 일어났다. 박쥐 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스(Bat SARS-like coronavirus)는 수많은 변종이 있는데<ref name="ComGen">{{cite web | title=A preliminary comparative genomics of the 2019-nCoV | website= 바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=24 January 2020 | url= https://www.bacpathbrc.org/brcDocs/documents/announcements/Corona/2019-nCoV_ViPR_report_24JAN2020_v1.1.pdf | access-date=17 February 2020}}</ref>, 그 중에서 [[중국적갈색관박쥐]]에서 2015년 7월 분리된 bat-SL-CoVZXC21<ref>{{cite web | title=bat-SL-CoVZXC21 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=July 2015 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581946511144 | access-date=17 February 2020}}</ref>과 2017년 2월 분리된 bat-SL-CoVZC45<ref>{{cite web | title=bat-SL-CoVZC45 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=January 2017 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581946435355 | access-date=17 February 2020}}</ref>의 출판된 온 두 유전자 배열은 2019년 신종 코로나바이러스와 88% 유사성<ref group name="내용주">바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]])에 따른 2019년 신종 코로나바이러스의 유사 유전자 식별(Similar Sequences Identification). [https://www.viprbrc.org/brc/blast.spg?method=RetrieveResults&ticketNumber=BL_940330485765&itemIndx=0#gb:LR757995|Organism:Wuhan#seafood#market#pneumonia#virus|Strai_2029818] {{웨이백|url=https://www.viprbrc.org/brc/blast.spg?method=RetrieveResults&ticketNumber=BL_940330485765&itemIndx=0 |date=20200218184105 }}</ref>을 보이고, 2019년 신종 코로나바이러스는 이 두 변종의 공통 조상(Common ancestor)에게서 기원해<ref name="ComGen"/> 그 조상에게 없던 TRS-1 (ACGGAT) 돌연변이<ref>{{cite web | title=Nucleotide Sequence of 1st Collected Sample of 2019 Novel Coronavirus | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=23 December 2019 | url=https://www.viprbrc.org/brc/segmentSequence.spg?sequenceAccession=MT019529&decorator=corona | access-date=17 February 2020}}</ref>를 일으킨 자매 아종(Sibling Subspecies)<ref name="ComGen"/>이다.
배열된 유전체의 충분한 수로 해당 바이러스과의 변이 내력에 대한 [[계통수]]를 재구성하는 게 가능하다. 2003년 사스 전염병의 기원을 향한 연구의 결과로 관박쥐과의 관박쥐속에서 대부분 유래한 수많은 박쥐 사스 코로나바이러스 WIV1([[:en:SARS-like coronavirus WIV1]])의 발견이 일어났다. 2015년과 2017년 출판된 [[중국적갈색관박쥐]]에서 온 두 유전자 배열은 2019년 신종코로나바이러스와 80% 유사성을 보인다. 미간행된 3번째 [[중간관박쥐]]에서 온 바이러스 유전체 ‘RaTG13’는 2019년 신종코로나바이러스와 소위 96% 유사성을 보인다. 비교를 위해 바이러스간 이런 돌연변이의 양은 H3N2 A형 독감([[:en:Influenza A virus subtype H3N2]])의 10년 동안 변이된 양과 유사하다.

[[천산갑]]은 중국 법에 따라 보호되지만, [[중의학]]으로 인한 천산갑의 밀렵과 거래([[:en:Pangolin trade]])는 흔하게 잔존해 있다. 앞서 2019년에 발행된 메타유전학 연구에서는 가장 많이 분포하는 병원체(the most widely distributed pathogens)인 센다이바이러스([[:en:Sendai virus]]) 다음으로, 4 속([[:en:Genus]])을 다 아우르는 [[코로나바이러스]]아과가 [[말레이천산갑]] 표본에 넓게 분포하는 것으로 드러났다.<ref name="Pangolin">{{Cite journal|last=Liu|first=P|last2=Chen|first2=W|last3=Chen|first3=JP|date=November 2019|title=Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica)|url=https://www.mdpi.com/1999-4915/11/11/979/htm |journal=Viruses|language=en|volume=11|issue=11|pages=979|doi=10.3390/v11110979}}</ref> 그러나 고유 영향력 지표(Eigenfactor) SJR이 1.81인 Viruses 저널<ref>{{cite web | title=Viruses SCImago Journal Rank | website=[[:en:SCImago Journal Rank]] | date=18 February 2020 | url=https://www.scimagojr.com/journalsearch.php?q=19700188364&tip=sid&clean=0 | access-date=18 February 2020}}</ref>의 Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica)라는 논문은 2019년 신종 코로나바이러스 최초 발견 시점인 2019년 12월 23일<ref>{{cite web | title=1st Collected Sample Strain Details of 2019 Novel Coronavirus | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=23 December 2019 | url=https://www.viprbrc.org/brc/viprStrainDetails.spg?ncbiAccession=MT019529&decorator=corona&context=1581947810403 | access-date=17 February 2020}}</ref>보다 앞선 2019년 10월 24일에 발행된 것으로서<ref name="Pangolin"/> 2019년 신종 코로나바이러스를 확실히 포함하지 ‘않고’, 다만 그 외의 [[코로나바이러스]]아과(Coronavirus family) 전체와 센다이바이러스([[:en:Sendai virus]])에 대한 알려지지 않은 잠재적 병원소<ref name="Pangolin"/>로서 보내는 일반적 주의일 뿐이다. 그래서 변인 통제(Control variable)가 기본인 공통 과학(General Science) 실험 설계에 맞지 않게 센다이바이러스([[:en:Sendai virus]])를 포함한<ref name="Pangolin"/> 혼합 표본(Mixed sample) 검사를 수행한 상태에서 해당 논문에서 언급도 하지 않는 2019년 신종 코로나바이러스가 벌써 거기 있었다는 주장은 공신력이 떨어진다.

네이처지는 “화난 농업대학 일부 연구진 Shen and Xiao는 네이처지의 요청에 즉각 반응하지는 못했지만, 화난 농업대학의 일부 연구진 Liu Yahong은 1월 7일 기자 회견(Press conference)에서 곧 발행될 예정이나(would be published soon) 공식적으로 아직 발행되지 않은(but is yet to be formally published) 결과에서 천산갑 표본 내 어떤 바이러스가 2019년 신종 코로나바이러스와 99% 유사하다는 주장을 폈는데, 과학자들은 해당 팀이 천산갑에게 그 유사 바이러스가 있다는 장소 등 세부 사항을 제공하기를 희망했다. 면역학자이자 계산 생물학자인 Kristian Andersen은 사실이라고 믿을 수도 있다며, 발행된 보고와 자료를 고대한다.”라는 전언을 소개하고 있다.<ref name="verbal">{{cite journal |last1=Cyranoski |first1=David |title=Did pangolins spread the China coronavirus to people? |url=https://www.nature.com/articles/d41586-020-00364-2 |journal=Nature |doi=10.1038/d41586-020-00364-2 |date=7 February 2020| name-list-format=vanc }}</ref> 그러나 학술 문헌도 아닌 ‘기자 회견이나 전언’ 말고, 1월 11경에도, 추후 드러난 것과 무관하게 2019년 신종 코로나바이러스 발병에 대한 천산갑의 역할이 아직 미정(the role of pangolins in the 2019-nCoV outbreak is still up in the air, regardless of what’s subsequently revealed)이라는 진술<ref name="when">{{cite news |last1=Lee |first1=Bruce Y. |title=Did Pangolins Play A Role In The New Coronavirus Outbreak? |url=https://www.forbes.com/sites/brucelee/2020/02/11/did-pangolins-play-a-role-in-the-new-coronavirus-outbreak/#e4d329518e5d |work=[[Forbes]] |date=11 February 2020 |access-date=15 February 2020 |name-list-format=vanc }}</ref>을 볼 때, 적어도 기자 회견이나 전언 시점인 1월 7일<ref name="verbal"/> 추후에 해당하는 1월 11경까지는 아직<ref name="when"/>, 네이처지 내 학술 문헌상 발행이 되지 않았다는 것은 추론할 수 있다. 이와 같이 또다른 출판 전 논문([[:en:Preprint]])은 메타유전 자료상 재조합을 했더니, RaTG13의 숙주가 천산갑이기 때문에 2019년 신종 코로나바이러스의 숙주도 천산갑이라는 내용이다.<ref name="preprint">{{Cite journal|last1=Wong|first1=MC|last2=Cregeen|first2=SJJ|last3=Ajami|first3=NJ|last4=Petrosino|first4=JF|url=https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.939207v1.full-text |title=Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019|journal=bioRxiv|pages=2020.02.07.939207|doi=10.1101/2020.02.07.939207|year=2020}}</ref> 그러나 사실 [[동료 평가]](Peer review)도 거치지 않은 Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019의 주장과 달리 RaTG13의 숙주에 관한 학계의 통설은 RaTG13의 숙주는 천산갑이 아닌, 중간관박쥐(Rhinolophus sinicus)<ref name="RaTG13">{{cite web | title=RaTG13 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=24 July 2013 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581959026433 | access-date=18 February 2020}}</ref><ref name="NatureZhou">{{Cite journal|url=https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7|title=A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin |vauthors=Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, Si HR, Zhu Y, Li B, Huang CL, Chen HD, Chen J, Luo Y, Guo H, Jiang RD, Liu MQ, Chen Y, Shen XR, Wang X, Zheng XS, Zhao K, Chen QJ, Deng F, Liu LL, Yan B, Zhan FX, Wang YY, Xiao GF, Shi ZL | display-authors=3 |date=February 2020|journal=Nature|pages=1–4|doi=10.1038/s41586-020-2012-7|pmid=32015507 }}</ref><ref>{{cite document|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1802633852|title=Bat coronavirus isolate RaTG13, complete genome|publisher=[[National Center for Biotechnology Information]] (NCBI)|date=10 February 2020}}</ref>라는 것이고, Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019이 기재된 [[:en:bioRxiv]]는 고유 영향력 지표(Eigenfactor)상 계수되지도 않는<ref>{{cite web | title=bioRxiv SCImago Journal Rank | website=[[:en:SCImago Journal Rank]] | date=18 February 2020 | url=https://www.scimagojr.com/journalsearch.php?q=bioRxiv | access-date=18 February 2020}}</ref> [[출판 전 논문]]([[:en:Preprint]])의 집결소이다. 게다가 다음과 같은 이유에서 RaTG13는 2019년 신종 코로나바이러스와 유사성이 없다. 미국 국립 알레르기 감염병 연구소([[:en:National Institute of Allergy and Infectious Diseases]])가 지원하는 바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]])에도 RaTG13뿐만 아니라<ref name="RaTG13"/> 2019년 신종 코로나바이러스<ref>{{cite web | title=Wuhan pneumonia Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=2 January 2020 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581960024348 | access-date=18 February 2020}}</ref>의 정보도 망라돼 있는데도, 정작 그 데이터베이스에 기초한 2019년 신종 코로나바이러스와 유사 유전자 식별(Similar Sequences Identification)에서는 RaTG13가 상위권에 들지 못해서<ref group name="내용주"/> 사실 2019년 신종 코로나바이러스와 RaTG13의 유사성이 떨어진다는 것을 충분히 알 수 있다. 구체적으로 해당 바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원(Virus Pathogen Database and Analysis Resource)에 따르면, 유사 유전자 식별(Similar Sequences Identification)상 2019년 신종 코로나바이러스는, 실제로 RaTG13가 아니라 [[중국적갈색관박쥐]](Rhinolophus sinicus)가 숙주인 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21과 88% 일치하고, [[중간관박쥐]](Rhinolophus sinicus)가 숙주인 BtRs-BetaCoV/YN2018C, BtRs-BetaCoV/YN2018B와 85% 일치한다.<ref group name="내용주"/>

실제로 네 문단 위에서 언급되었던 Viruses 저널의 Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica) 논문 그 어디에도 2019년 신종 코로나바이러스와 가장 일치도가 높은 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21은 전혀 나오지도 않고, 대신 다른 균주들만 나온다.<ref name="Pangolin"/> 그 중 해당 논문<ref name="Pangolin"/>과 A preliminary comparative genomics of the 2019-nCoV<ref name="ComGen"/>라는 자료에 기재된 코로나바이러스아과의 숙주 정보는 다음과 같다.

* 델타코로나바이러스속<ref name="Pangolin"/>
** 붉은해오라기(Night heron)<ref name="Pangolin"/>: NC_016994의 숙주<ref name="Pangolin"/>
** 말레이천산갑<ref name="Pangolin"/>: Contig 715<ref name="Pangolin"/>, Contig 1748<ref name="Pangolin"/>의 숙주
** 참새<ref name="Pangolin"/>: ISU690-4<ref>{{cite web | title=ISU690-4 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=2017 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581995464506 | access-date=18 February 2020}}</ref>, ISU690-7<ref>{{cite web | title=ISU690-7 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=2017 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581995720809 | access-date=18 February 2020}}</ref>, ISU42824<ref>{{cite web | title=ISU42824 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=2017 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581995929719 | access-date=18 February 2020}}</ref>의 숙주
** 메추라기(Coturnix japonica)<ref name="Pangolin"/>: G032/2015의 숙주<ref>{{cite web | title=G032/2015 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=3 March 2015 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581996132136 | access-date=18 February 2020}}</ref>
** 붉은귀직박구리(Red-whiskered bulbul)<ref name="Pangolin"/>: UNKNOWN-NC_011547의 숙주<ref>{{cite web | title=UNKNOWN-NC_011547 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=January 2007 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581996259580 | access-date=18 February 2020}}</ref>
** 되지빠귀(Turdus hortulorum)<ref name="Pangolin"/>: UNKNOWN-FJ376621<ref>{{cite web | title=UNKNOWN-FJ376621 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=January 2007 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581996415297 | access-date=18 February 2020}}</ref>, UNKNOWN-NC_011549<ref>{{cite web | title=UNKNOWN-NC_011549 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=January 2007 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581996505543 | access-date=18 February 2020}}</ref>의 숙주

* 분류 미상<ref name="Pangolin"/>
** 말레이천산갑: 델타코로나바이러속의 삼촌 종(Uncle Species)인 Contig 47<ref name="Pangolin"/>, Contig 731<ref name="Pangolin"/>; 델타코로나바이러속의 종백숙부 종(Great Uncle’s Sibling Species)인 Contig 368<ref name="Pangolin"/>; 델타코로나바이러속의 재종 형제 종(Second Cousin Species)인 Contig 729<ref name="Pangolin"/>, Contig785<ref name="Pangolin"/>; 알파코로나바이러스속의 종고조 종(Great-Great Grandfather’s Sibling Species)인 Contig 223<ref name="Pangolin"/>; 알파코로나바이러스속의 종백숙부 종(Great-Grandfather Grandchild Species)인 Contig 330<ref name="Pangolin"/>; 알파코로나바이러스속의 재종 형제 종(Second Cousin Species)인 Contig 1528<ref name="Pangolin"/>, Contig 286<ref name="Pangolin"/>; 베타코로나바이러스속의 삼촌 종(Uncle Species)인 Contig 1420<ref name="Pangolin"/>; 베타코로나바이러스속의 종조 종(Great Uncle Species)인 Contig 174<ref name="Pangolin"/>; 감마코로나바이러스속의 사촌 종(Cousin Species)인 Contig 1292<ref name="Pangolin"/>; 감마코로나바이러스속의 종조 종(Great Uncle Species)인 Contig 1551<ref name="Pangolin"/>; 알파코로나바이러스속의 삼촌 종(Uncle Species)인 Contig 424<ref name="Pangolin"/>의 숙주

* 베타코로나바이러스속<ref name="Pangolin"/>
** 인간(Human)<ref name="Pangolin"/>: 4408의 숙주<ref>{{cite web | title=4408 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=1988 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581996738355 | access-date=18 February 2020}}</ref>
** 개(Dog)<ref name="Pangolin"/>: K37의 숙주<ref>{{cite web | title=K37 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=2008 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581997039363 | access-date=18 February 2020}}</ref>
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** 물소(Bubalus bubalis)<ref name="Pangolin"/>: Buffalo coronavirus B1-24F의 숙주<ref>{{cite web | title=Buffalo coronavirus B1-24F Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=10 January 2014 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581997734590 | access-date=18 February 2020}}</ref>
** 박쥐(Bat)<ref name="ComGen"/>: 박쥐 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스(Bat SARS-like coronavirus)의 수많은 변종<ref name="ComGen"/>, Rm1의 숙주<ref name="ComGen"/>
** 흰코사향고향이(Paguma larvata)<ref name="ComGen"/>: SZ3의 숙주<ref name="ComGen"/>
** 돼지(Swine)<ref name="ComGen"/>: TJF의 숙주<ref name="ComGen"/>

* 감마코로나바이러스속<ref name="Pangolin"/>
** 칠면조(Turkey)<ref name="Pangolin"/>: GQ427176의 숙주<ref>{{cite web | title=GQ427176 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=1998| url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581997885177 | access-date=18 February 2020}}</ref>
** 닭(Chicken)<ref name="Pangolin"/>: KU556807<ref>{{cite web | title=KU556807 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=6 January 2008 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581998041458 | access-date=18 February 2020}}</ref>, KX185057<ref>{{cite web | title=KX185057 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=2013 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581998162959 | access-date=18 February 2020}}</ref>, JQ977697<ref>{{cite web | title=JQ977697 Genome Search Result | website=바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원([[:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource]]) | date=2008 | url=https://www.viprbrc.org/brc/vipr_genome_search.spg?method=doQuickTextSearch&decorator=corona&pageTo=1&selectionContext=1581998319771 | access-date=18 February 2020}}</ref>의 숙주

위에서 살펴볼 수 있듯이 해당 논문 그 어디에도 베타코로나바이러스속 중 어느 균주에도 말레이천산갑이 '2019년 신종 코로나바이러스'의 숙주로 작용하고 있다는 내용이 전혀 나오지 않는다.<ref name="Pangolin"/> 오히려 [[말레이천산갑]]은, 2019년 신종 코로나바이러스와 유전자가 88% 일치<ref group name="내용주"/>하는 자매 아종(Sibling Subspecies)인 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21<ref name="ComGen"/>과 무관하게, 분명히 델타코로나바이러스속 혹은 유전적 친연 관계가 먼 분류 미상의 분류에 속하는 '다른 바이러스'의 숙주인 것으로 나온다.<ref name="Pangolin"/> 말레이천산갑이 델타코로나바이러스속 바이러스와 분류 미상의 바이러스의 숙주라는 사실<ref name="Pangolin"/>과 그와 다른 속에 속하는 2019년 신종 코로나바이러스<ref name="ComGen"/>의 숙주인지 여부 자체는 분명히 별개의 문제이다. 발행된 학술 문헌 본문에 나오지도 않는 내용을 가지고 불안을 조장할 필요는 없다.

마지막으로 고유 영향력 지표(Eigenfactor) SJR이 16.345로서 31971위 중 30위이면서<ref>{{cite web | title=Nature Magazine SCImago Journal Rank | website=[[:en:SCImago Journal Rank]] | date=18 February 2020 | url=https://www.scimagojr.com/journalrank.php | access-date=18 February 2020}}</ref> 동료 평가(Peer review)된 네이처지(Nature Magazine)에 기자 회견이나 전언이라기보다는 학술 문헌으로 실린 Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor에도 따르면, Sarbecovirus 속에서도 일부 박쥐 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스(Bat SARS-like coronavirus)인 bat-SL-CoV에 의한 인간 직접 감염에는 중간 숙주가 불필요하다 해도 무방하다고 언급하고 있다.<ref name="nature">{{cite journal |author= Xing-Yi Ge |author2= Jia-Lu Li |author3= Xing-Lou Yang |display-authors= etal |title=Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor |journal=Nature |volume=503 |issue=7477 |pages=535–8 |date=2013 |pmid=24172901 |pmc=5389864 |doi=10.1038/nature12711}}</ref>

따라서 요약하자면 신종 코로나바이러스의 조상은, 유사 유전자 식별과 계통수상 공신력 있게 발행된 학술 자료의 일치상으로 평가할 때, [[중국적갈색관박쥐]](Rhinolophus sinicus)가 숙주로서 88% 일치하는 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21<ref name="ComGen"/><ref group name="내용주"/>에 가장 가깝고, 천산갑이 숙주인 RaTG13<ref name="preprint"/>이 아니며, 이와 더불어 학술적으로 고유 영향력 지표(Eigenfactor)가 높은 네이처지(Nature Magazine)의 발행된 학술 문헌까지 종합할 때에는 2019년 신종 코로나바이러스가 bat-SL-CoV 변종<ref name="ComGen"/><ref group name="내용주"/>이기 때문에 bat-SL-CoV에 따른 인간 직접 감염에는 중간 숙주가 굳이 불필요하다 해도 무방하다고 판단하는 게 훨씬 더 정확하다.<ref name="nature"/> 다만 천산갑은 2019년 신종 코로나바이러스의 숙주가 아닌 대신, 코로나바이러스아과 중 '다른 속'<ref name="Pangolin"/>에 속하는 델타코로나바이러스속 바이러스와 분류 미상의 바이러스의 숙주이므로 이런 다른 이유로써 일반적 주의가 필요할 뿐이다. 참고로 천산갑이 2019년 신종 코로나바이러스의 숙주는 아니더라도, 델타코로나바이러스속 바이러스와 분류 미상의 바이러스의 숙주에는 해당<ref name="Pangolin"/>되기 때문에 천산갑을 [[한의학]]이나 [[중의학]]에서 약재로 섭취하는 습관은, 델타코로나바이러스속 바이러스와 분류 미상의 바이러스 바이러스 중, 혹시 인수 공통 감염병이 있을{{출처|날짜=2020-02-18|이유=아직 작성자가 이 부분 한정해서만 해당 사항 미확인 상태}} 경우에, 그 외 병원체에 대한 감염을 부추기는 행동이라 할 수 있다.


=== 구조 생물학 ===
=== 구조 생물학 ===

2020년 2월 18일 (화) 13:25 판

이 문서는 코로나바이러스에 관한 것입니다. 감염병 사태에 대해서는 코로나바이러스감염증-19 유행 문서를, 질병에 대해서는 코로나바이러스감염증-19 문서를 참고하십시오.
SARS-CoV-2
SARS-CoV-2
SARS-CoV-2
생물 분류ℹ️
군: IV (+)ssRNA
목: 니도바이러스목
과: 코로나바이러스과
아과: 코로나바이러스아과
속: 베타코로나바이러스속
종: 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스
변종: 신종 코로나바이러스 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2; SARS-CoV-2)
학명이명

2019-nCoV
Wuhan coronavirus
2019 novel coronavirus (2019-nCov)

게놈 정보
NCBI 게놈IDMN908947
게놈 크기30473 bases
완료년2020

2019년 신종 코로나바이러스(영어: COVID-19. 2019-nCoV. 2019 novel coronavirus), 공식적으로 SARS-CoV-2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2)[1][2]는 호흡기 감염을 일으키는 전염성 바이러스이다. 2019년 중국 후베이성 우한시에서 시작된 코로나바이러스감염증-19의 발병 및 확산 과정에서의 원인으로 알려졌다.[3] 또한, 유전적 배열(DNA sequencing)에서 양방향(positive-sense) 외가닥 RNA(single-stranded RNA) 코로나바이러스로 드러났다.[4][5][6] 비공식적으로 우한 코로나바이러스(영어: Wuhan coronavirus)[7][8]라고도 불린다.

많은 초기 증례가 우한화난수산물도매시장과 연관되어, 이 바이러스가 동물에게서 유래된 것으로 생각되지만 이 사실이 정확하게 확인되지는 않았다.[9] 유전적 배열과 그 외 바이러스 표본의 비교에서 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스와 79.5%[2], 박쥐 코로나바이러스와 96%[2] 유사점이 있음이 드러났는데, 박쥐와 뱀에게 궁극적 기원이 있다는 것으로 추측이 되며,[10] 천산갑과 같은 중간 숙주가 있는 것도 배제할 수 없다.[11][12]

병리학

<nowiki /> 이 부분의 본문은 코로나바이러스감염증-19 및 코로나바이러스감염증-19 유행입니다.

유증상 질환의 최초 사례가 3주 바로 전에 미리 2019년 12월 8일부터 발생하면서 최초 의심 증례가 WHO에 2019년 12월 31일 공지되었다.[13] 분자 시계 접근법에서는 이와 유사하거나 그보다 앞선 유래 날짜를 제시한다.[14] 2019년 신종 코로나바이러스 발병은 2019년 중순에 최초로 감지되었다. 출판된 유전체에 기초한 계통분류학에서는 해당 전파가 한 감염된 동물에게서 왔을 법하다는 것을 암시한다.[14] 이 바이러스는 잇달아 중국의 다른 성 및 아시아, 유럽, 북미, 오세아니아의 20개 이상 국가에도 전파되었다.[15] 인간 대 인간 전염은 중국[16][17], 독일[18], 태국[19], 일본, 미국에서 확인되었다.[20]

2020년 1월 30일 2019년 신종 코로나바이러스는 세계보건기구에서 세계 보건 비상사태로 할당되었다.[21][22][23] 2020년 2월 4일 경에는 감염 확진자가 20604명이 있는데, 이 중 20416명은 중국 본토 내에 있다.[15] 추적해 보면, 진단 받은 환자의 약 1/5은 위중한 질환에 귀속된다.[24] 중국 외 증례는 우한 시를 여행했거나 그 지역을 여행했던 누군가와 직접 접촉한 사람들이었다.[25][26]

현 발병 시간이 지남에 따라 사망률이 변하고 소수의 무증상 환자가 진단상 불확실한 상태이기 때문에 2019년 신종 코로나바이러스 감염증으로 인한 총 사망률과 유병률은 미상이다.[27][28] 하지만 예비 조사 결과에서는 감염된 사람의 2%~3% 사망률이 추산되고[29][30], 세계 보건 기구에서는 사망률이 대략 3%라고 시사했다.[31] 2020년 2월 4일경 해당 바이러스에 원인이 있는 사망자 수는 427명이다.[15][32]

바이러스학

전염성

해당 바이러스의 인간 대 인간 전파는 확인되었다.[17] 코로나바이러스는 특히 2m 반경 내 기침이나 콧물에서 온 호흡기 비말에 대한 밀접 접촉을 통해 주로 전파된다.[33][34] 2020년 1월 27일경 미국 질병통제예방센터 공무원이 어떤 보고에서도 증상 발병 이전 환자가 존재한다는 증거가 없다고 공표했지만, 감염된 이 바이러스가 잠복기에마저도 감염력이 있다는 보고가 나타났다.[35][36]

연구 집단은 대부분 추정치는 3.8명 이하이면서 해당 바이러스의 기초감염재생산수(R0, R Zero라고 읽음)를 1.4명에서 5명 사이라고 추정했다.[37][38][39][40][41] 이 현상은 방치 시 이 바이러스가 기존 1감염당 1.4명 내지 3.8명의 새로운 증례를 낳는다는 의미이다. 이 바이러스가 최소 4명의 연쇄를 따라 전파될 수 있다는 게 확실하다.[42]

바이러스가 사람에게 최초로 전염된 원인에 대해서는, 몇몇 국가에서 박쥐고기를 섭취하는 습관으로 인해서 박쥐로부터 바이러스가 전파되었을 것이라는 전문가의 지적이 있다.[43]

병원소

최초 감염 확진된 사람이 우한화난수산물도매시장의 노동자였기 때문에 식품으로 판매하는 동물이 병원소나 매개체로 의심된다. 결국 동물과 더 큰 접촉에 노출된 셈이다. 야생 동물 판매 시장이 2003년에 사스 전염병에도 원인을 제공한 것으로 비판 받았는데, 그런 시장은 신종 병원체의 배양소로 간주된다.[44] 해당 발병 때문에 중국의 야생 동물 거래 및 소비에 대한 일시적 금지 조치가 촉발되었다.[45] 그러나 일부 연구자들은 화난 수산물 시장이 인간에 대한 바이러스 전파의 근원이 아닐 수도 있다고 암시했다.[14][46] 배열된 유전체의 충분한 수로 해당 바이러스과의 변이 내력에 대한 계통수를 재구성하는 게 가능하다. 2003년 사스 전염병의 기원을 향한 연구의 결과로 관박쥐과의 관박쥐속에서 대부분 유래한 수많은 박쥐 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스 WIV1(en:Bat SARS-like coronavirus WIV1)의 발견이 일어났다. 박쥐 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스(Bat SARS-like coronavirus)는 수많은 변종이 있는데[47], 그 중에서 중국적갈색관박쥐에서 2015년 7월 분리된 bat-SL-CoVZXC21[48]과 2017년 2월 분리된 bat-SL-CoVZC45[49]의 출판된 온 두 유전자 배열은 2019년 신종 코로나바이러스와 88% 유사성[50]을 보이고, 2019년 신종 코로나바이러스는 이 두 변종의 공통 조상(Common ancestor)에게서 기원해[47] 그 조상에게 없던 TRS-1 (ACGGAT) 돌연변이[51]를 일으킨 자매 아종(Sibling Subspecies)[47]이다.

천산갑은 중국 법에 따라 보호되지만, 중의학으로 인한 천산갑의 밀렵과 거래(en:Pangolin trade)는 흔하게 잔존해 있다. 앞서 2019년에 발행된 메타유전학 연구에서는 가장 많이 분포하는 병원체(the most widely distributed pathogens)인 센다이바이러스(en:Sendai virus) 다음으로, 4 속(en:Genus)을 다 아우르는 코로나바이러스아과가 말레이천산갑 표본에 넓게 분포하는 것으로 드러났다.[52] 그러나 고유 영향력 지표(Eigenfactor) SJR이 1.81인 Viruses 저널[53]의 Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica)라는 논문은 2019년 신종 코로나바이러스 최초 발견 시점인 2019년 12월 23일[54]보다 앞선 2019년 10월 24일에 발행된 것으로서[52] 2019년 신종 코로나바이러스를 확실히 포함하지 ‘않고’, 다만 그 외의 코로나바이러스아과(Coronavirus family) 전체와 센다이바이러스(en:Sendai virus)에 대한 알려지지 않은 잠재적 병원소[52]로서 보내는 일반적 주의일 뿐이다. 그래서 변인 통제(Control variable)가 기본인 공통 과학(General Science) 실험 설계에 맞지 않게 센다이바이러스(en:Sendai virus)를 포함한[52] 혼합 표본(Mixed sample) 검사를 수행한 상태에서 해당 논문에서 언급도 하지 않는 2019년 신종 코로나바이러스가 벌써 거기 있었다는 주장은 공신력이 떨어진다.

네이처지는 “화난 농업대학 일부 연구진 Shen and Xiao는 네이처지의 요청에 즉각 반응하지는 못했지만, 화난 농업대학의 일부 연구진 Liu Yahong은 1월 7일 기자 회견(Press conference)에서 곧 발행될 예정이나(would be published soon) 공식적으로 아직 발행되지 않은(but is yet to be formally published) 결과에서 천산갑 표본 내 어떤 바이러스가 2019년 신종 코로나바이러스와 99% 유사하다는 주장을 폈는데, 과학자들은 해당 팀이 천산갑에게 그 유사 바이러스가 있다는 장소 등 세부 사항을 제공하기를 희망했다. 면역학자이자 계산 생물학자인 Kristian Andersen은 사실이라고 믿을 수도 있다며, 발행된 보고와 자료를 고대한다.”라는 전언을 소개하고 있다.[55] 그러나 학술 문헌도 아닌 ‘기자 회견이나 전언’ 말고, 1월 11경에도, 추후 드러난 것과 무관하게 2019년 신종 코로나바이러스 발병에 대한 천산갑의 역할이 아직 미정(the role of pangolins in the 2019-nCoV outbreak is still up in the air, regardless of what’s subsequently revealed)이라는 진술[56]을 볼 때, 적어도 기자 회견이나 전언 시점인 1월 7일[55] 추후에 해당하는 1월 11경까지는 아직[56], 네이처지 내 학술 문헌상 발행이 되지 않았다는 것은 추론할 수 있다. 이와 같이 또다른 출판 전 논문(en:Preprint)은 메타유전 자료상 재조합을 했더니, RaTG13의 숙주가 천산갑이기 때문에 2019년 신종 코로나바이러스의 숙주도 천산갑이라는 내용이다.[57] 그러나 사실 동료 평가(Peer review)도 거치지 않은 Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019의 주장과 달리 RaTG13의 숙주에 관한 학계의 통설은 RaTG13의 숙주는 천산갑이 아닌, 중간관박쥐(Rhinolophus sinicus)[58][59][60]라는 것이고, Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019이 기재된 en:bioRxiv는 고유 영향력 지표(Eigenfactor)상 계수되지도 않는[61] 출판 전 논문(en:Preprint)의 집결소이다. 게다가 다음과 같은 이유에서 RaTG13는 2019년 신종 코로나바이러스와 유사성이 없다. 미국 국립 알레르기 감염병 연구소(en:National Institute of Allergy and Infectious Diseases)가 지원하는 바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원(en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource)에도 RaTG13뿐만 아니라[58] 2019년 신종 코로나바이러스[62]의 정보도 망라돼 있는데도, 정작 그 데이터베이스에 기초한 2019년 신종 코로나바이러스와 유사 유전자 식별(Similar Sequences Identification)에서는 RaTG13가 상위권에 들지 못해서[50] 사실 2019년 신종 코로나바이러스와 RaTG13의 유사성이 떨어진다는 것을 충분히 알 수 있다. 구체적으로 해당 바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원(Virus Pathogen Database and Analysis Resource)에 따르면, 유사 유전자 식별(Similar Sequences Identification)상 2019년 신종 코로나바이러스는, 실제로 RaTG13가 아니라 중국적갈색관박쥐(Rhinolophus sinicus)가 숙주인 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21과 88% 일치하고, 중간관박쥐(Rhinolophus sinicus)가 숙주인 BtRs-BetaCoV/YN2018C, BtRs-BetaCoV/YN2018B와 85% 일치한다.[50]

실제로 네 문단 위에서 언급되었던 Viruses 저널의 Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica) 논문 그 어디에도 2019년 신종 코로나바이러스와 가장 일치도가 높은 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21은 전혀 나오지도 않고, 대신 다른 균주들만 나온다.[52] 그 중 해당 논문[52]과 A preliminary comparative genomics of the 2019-nCoV[47]라는 자료에 기재된 코로나바이러스아과의 숙주 정보는 다음과 같다.

  • 델타코로나바이러스속[52]
    • 붉은해오라기(Night heron)[52]: NC_016994의 숙주[52]
    • 말레이천산갑[52]: Contig 715[52], Contig 1748[52]의 숙주
    • 참새[52]: ISU690-4[63], ISU690-7[64], ISU42824[65]의 숙주
    • 메추라기(Coturnix japonica)[52]: G032/2015의 숙주[66]
    • 붉은귀직박구리(Red-whiskered bulbul)[52]: UNKNOWN-NC_011547의 숙주[67]
    • 되지빠귀(Turdus hortulorum)[52]: UNKNOWN-FJ376621[68], UNKNOWN-NC_011549[69]의 숙주
  • 분류 미상[52]
    • 말레이천산갑: 델타코로나바이러속의 삼촌 종(Uncle Species)인 Contig 47[52], Contig 731[52]; 델타코로나바이러속의 종백숙부 종(Great Uncle’s Sibling Species)인 Contig 368[52]; 델타코로나바이러속의 재종 형제 종(Second Cousin Species)인 Contig 729[52], Contig785[52]; 알파코로나바이러스속의 종고조 종(Great-Great Grandfather’s Sibling Species)인 Contig 223[52]; 알파코로나바이러스속의 종백숙부 종(Great-Grandfather Grandchild Species)인 Contig 330[52]; 알파코로나바이러스속의 재종 형제 종(Second Cousin Species)인 Contig 1528[52], Contig 286[52]; 베타코로나바이러스속의 삼촌 종(Uncle Species)인 Contig 1420[52]; 베타코로나바이러스속의 종조 종(Great Uncle Species)인 Contig 174[52]; 감마코로나바이러스속의 사촌 종(Cousin Species)인 Contig 1292[52]; 감마코로나바이러스속의 종조 종(Great Uncle Species)인 Contig 1551[52]; 알파코로나바이러스속의 삼촌 종(Uncle Species)인 Contig 424[52]의 숙주
  • 베타코로나바이러스속[52]
    • 인간(Human)[52]: 4408의 숙주[70]
    • 개(Dog)[52]: K37의 숙주[71]
    • 야크(Yak)[52]: YAK/HY24/CH/2017의 숙주[72]
    • 소(Cattle)[52]: ICSA21-LBA[73], 4-17-25[74]의 숙주
    • 단봉낙타(Camelus dromedarius)[52]: HKU23-265F의 숙주[75]
    • 물소(Bubalus bubalis)[52]: Buffalo coronavirus B1-24F의 숙주[76]
    • 박쥐(Bat)[47]: 박쥐 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스(Bat SARS-like coronavirus)의 수많은 변종[47], Rm1의 숙주[47]
    • 흰코사향고향이(Paguma larvata)[47]: SZ3의 숙주[47]
    • 돼지(Swine)[47]: TJF의 숙주[47]
  • 감마코로나바이러스속[52]

위에서 살펴볼 수 있듯이 해당 논문 그 어디에도 베타코로나바이러스속 중 어느 균주에도 말레이천산갑이 '2019년 신종 코로나바이러스'의 숙주로 작용하고 있다는 내용이 전혀 나오지 않는다.[52] 오히려 말레이천산갑은, 2019년 신종 코로나바이러스와 유전자가 88% 일치[50]하는 자매 아종(Sibling Subspecies)인 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21[47]과 무관하게, 분명히 델타코로나바이러스속 혹은 유전적 친연 관계가 먼 분류 미상의 분류에 속하는 '다른 바이러스'의 숙주인 것으로 나온다.[52] 말레이천산갑이 델타코로나바이러스속 바이러스와 분류 미상의 바이러스의 숙주라는 사실[52]과 그와 다른 속에 속하는 2019년 신종 코로나바이러스[47]의 숙주인지 여부 자체는 분명히 별개의 문제이다. 발행된 학술 문헌 본문에 나오지도 않는 내용을 가지고 불안을 조장할 필요는 없다.

마지막으로 고유 영향력 지표(Eigenfactor) SJR이 16.345로서 31971위 중 30위이면서[81] 동료 평가(Peer review)된 네이처지(Nature Magazine)에 기자 회견이나 전언이라기보다는 학술 문헌으로 실린 Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor에도 따르면, Sarbecovirus 속에서도 일부 박쥐 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스(Bat SARS-like coronavirus)인 bat-SL-CoV에 의한 인간 직접 감염에는 중간 숙주가 불필요하다 해도 무방하다고 언급하고 있다.[82]

따라서 요약하자면 신종 코로나바이러스의 조상은, 유사 유전자 식별과 계통수상 공신력 있게 발행된 학술 자료의 일치상으로 평가할 때, 중국적갈색관박쥐(Rhinolophus sinicus)가 숙주로서 88% 일치하는 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21[47][50]에 가장 가깝고, 천산갑이 숙주인 RaTG13[57]이 아니며, 이와 더불어 학술적으로 고유 영향력 지표(Eigenfactor)가 높은 네이처지(Nature Magazine)의 발행된 학술 문헌까지 종합할 때에는 2019년 신종 코로나바이러스가 bat-SL-CoV 변종[47][50]이기 때문에 bat-SL-CoV에 따른 인간 직접 감염에는 중간 숙주가 굳이 불필요하다 해도 무방하다고 판단하는 게 훨씬 더 정확하다.[82] 다만 천산갑은 2019년 신종 코로나바이러스의 숙주가 아닌 대신, 코로나바이러스아과 중 '다른 속'[52]에 속하는 델타코로나바이러스속 바이러스와 분류 미상의 바이러스의 숙주이므로 이런 다른 이유로써 일반적 주의가 필요할 뿐이다. 참고로 천산갑이 2019년 신종 코로나바이러스의 숙주는 아니더라도, 델타코로나바이러스속 바이러스와 분류 미상의 바이러스의 숙주에는 해당[52]되기 때문에 천산갑을 한의학이나 중의학에서 약재로 섭취하는 습관은, 델타코로나바이러스속 바이러스와 분류 미상의 바이러스 바이러스 중, 혹시 인수 공통 감염병이 있을[출처 필요] 경우에, 그 외 병원체에 대한 감염을 부추기는 행동이라 할 수 있다.

구조 생물학

해당 유전체의 출판으로 극상돌기 단백질이 세포 진입 기전으로서 이용하고자 앤지오텐신 전환 효소 II(en:Angiotensin-converting enzyme 2) 수용체에 충분한 결합력∙친화력을 보유한다는 것을 시사하는, 신종 코로나바이러스 극상돌기(spike)의 수용체 결합 단백질(receptor binding protein)에 대한 여러 단백질 모형(en:Protein structure prediction)에 이르렀다.[83] 완숙 바이러스로 작업하는 중국 내 집단과 독립적으로 역 유전학(reverse genetics)으로 작업하는 미국 집단이 1월 22일에 앤지오텐신 전환 효소 II가 2019년 신종 코로나바이러스의 수용체라고 예증했다.[84][85][86] 잠재적 단백질분해효소 억제제를 살피기 위해 해당 바이러스의 Orf1a[내용주 1] 다단백질(polyprotein)에서 온 글리세르알데히드인산 유사 단백질분해효소인 Mpro[내용주 2]도 약물 결합 실험을 위해 모형화되었다. Innophore사는 중증급성호흡기증후군 단백질분해효소에 대한 두 계산 모형을 산출했고[87], 중국 과학원은 재조합형 신종 코로나바이러스 단백질분해효소에 대한 미간행 실험 구조를 냈다.[88]

증상과 치료 연구

2019년 신종 코로나바이러스가 야기하는 질병은 WHO에서 2019년 신종 코로나바이러스 급성 호흡기 감염병이라 임시적으로 명명되었다.[89] 2020년 2월 2일경 (동료 평가된 임의 통제 시험(Randomized controlled trial)에 대한 체계적 고찰(Systematic review)의 의미상의) 임상 연구 표준에서 확증된 치료는 확보할 수 없어서 열, 마른 기침, 숨가쁨을 포함할 만한 증상 완화에 주안점을 둔다.[90][91][92]

이와 병행해 여러 탐색적 예비조사(en:Exploratory research)의 계열에서는 2020년 1월에 잠재적 치료법이 시작되었다. 중국 질병 관리 예방 센터에서는 1월 말 해당 코로나바이러스 연관 폐렴 치료의 효과성에 대한 현존하는 폐렴 치료법 시험을 시작했다.[93] 현재 특정한 치료법은 없으나 항바이러스제에 관한 연구가 진행되고 있는데,[94] 인디나비르(en:indinavir), 사퀴나비르(en:saquinavir), 로피나비르/리토나비르(en:lopinavir/ritonavir)와 같은 항레트로바이러스(en:Antiretroviral) 인간면역결핍 I 단백질분해효소(en:HIV-1 protease) 억제제를 포함한 기존 항바이러스제[95]의 효과를 향한 조사도 이미 1월 말에 시작되었다. 중증급성호흡기증후군 및 2019-nCoV 대항 조사 중인 신약 렘데시비르(en:Remdesivir)라는 RNA 중합효소 억제제(polymerase inhibitor)[96][97], 라싸열과 에볼라 출혈열 대항 조사 중인 신약 트리아자비린(en:triazavirin)[98], 항바이러스 단백질인 베타인터페론(en:interferon beta)[97], 이전에 식별된 단일 복제 항체(en:Monoclonal antibody)에 대한 고찰도 가능한 치료로서 같은 시기 즈음에 시작되었다.[99] RNA-의존 RNA 중합효소(en:RNA-dependent RNA polymerase) 억제제, 비구조 단백 억제제(en:NS5B inhibitor) 및 C형 간염 치료제인 소포스부비르(en:Sofosbuvir)의 효과를 연구하는 계획도 2020년 1월 말에 시작되었다. 노르웨이 과학기술대학교 연구진이 인간에게 안전한 광범위 항바이러스제 120개로 된 데이터베이스를 만들어 2019년 신종 코로나바이러스 치료제 후보 31개를 식별했다.[100]

2020년 1월 말 중국 연구 의료진이 중증급성호흡기증후군 및 2019-nCoV 대항 조사 중인 신약 렘데시비르, 말라리아 치료제인 클로로퀸, 항레트로바이러스 인간면역결핍 I 단백질분해효소 억제제인 로피나비르/리토나비르에 대한 임상 시험을 시작할 뜻을 표현했는데, 이 약제는 모두 탐색적 예비조사(en:Exploratory research)상 세포 수준에서 2019년 신종 코로나바이러스에 '꽤 좋은 억제 효과'를 보였다.[101] 2020년 태국의 의사는 한 환자가 인간면역결핍 바이러스 I 단백질분해효소 억제제인 로피나비르/리토나비르와 독감 약인 오셀타미비어를 병용해 한 환자를 성공적으로 치료했다고 주장했다.[102][103]

폐렴, 신부전, 또 심각한 감염의 경우 사망에 이를 수 있다.[104] 2020년 1월 23일 발행된 문헌에서 WHO 사무총장 테드로스 아드하놈 게브레예수스에 따르면 감염자 중 1/4이 심각한 질환을 경험하였으며 사망자 중 다수가 고혈압, 당뇨병, 심혈관계 질환 등 면역계 손상이 있었다.[105] 병원에 이송된 사람들 대부분이 입원 당시에는 활력 징후가 안정적이었으며 이들에게서 백혈구감소증과 림프구감소증이 보고되었다.[91]

WHO의 공식 발표에 의하면 치사율은 3% 정도로 추정된다.[106] 이는 SARS의 치사율인 9.6%보다 낮다.[107]

분류

우한 베타 코로나바이러스(Beta-CoV)의 염기서열은 박쥐에게서 찾아지는 베타코로나바이러스와 유사성을 보이나, 중증급성호흡기증후군(SARS-CoV)과 중동호흡기증후군(MERS-CoV)과 같은 다른 코로나바이러스와는 유전적으로 구분된다.[1] SARS-CoV와 마찬가지로, Beta-CoV의 B계통(lineage B)에 속한다.[108][109] 중국CDC(영어판)와 병원체생물학연구소, 우한진인탄병원(武汉市金银潭医院)에서 5종류의 신규 코로나바이러스의 게놈[110]이 단리 및 보고되었다.[111][112] RNA서열의 길이는 대략 30kb이다.[1]

2020년 2월 11일, 바이러스 분류 국제위원회(ICTV) 소속 코로나바이러스 연구 그룹은 다른 코로나바이러스와의 분자계통학적 분석을 통해서 2019-nCoV를 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스와 다른 종으로 볼 수 없으나, 원형이 되는 바이러스와는 계통학적 거리가 많이 떨어져 있기 때문에 SARS-CoV-2로 명명하기로 하였다고 발표했다.[113]

변이

2020년 1월 22일, 세계보건기구(WHO)는 긴급위원회를 소집하여, 국제적으로 우려되는 공중 보건상의 비상 사태에 해당하는지에 대한 판단을 미루었다.[114] 한편, 중화인민공화국 국가위생건강위원회의 리빈(李斌) 부주임(차관급)은, 같은 날 회견에서 바이러스가 변이했을 가능성이 있으며, 더욱 확산될 위험요소가 있다고 밝혔다.[115]

백신 연구

2020년 1월, 여러 단체 및 기관에서 공개된 게놈을 기반으로 우한 코로나바이러스 감염자를 치료하기 위한 백신 개발에 착수했다.[116][117]

중국에서는 중국 질병예방통제센터(영어판)가 신종 코로나바이러스에 대항하는 백신을 개발 중이다.[93][118] 이전에 2003년 유행 동안 사스 코로나바이러스 업무에 참여했던 홍콩대학교의 Yuen Kwok-yung팀도 한 백신이 이곳에서 개발 중이지만 아직 동물 실험을 진행해야 한다고 공표했다.[119] 동부 상하이병원도 생명공학 회사인 Stemirna 제약과 협력하여 한 백신을 개발 중이다.[120]

생명공학기술 회사 Moderna와 퀸즐랜드 대학교의 연구를 포함한 3건의 백신연구 프로젝트는 전염병예방혁신연합(CEPI)으로부터 지원된다.[121] 미국 국립보건원(NIH)은 Moderna와 협력하여 신종 코로나바이러스 표면 돌기와 일치하는 RNA 백신을 개발하고 있으며, 2020년 5월부터 생산하는 것을 목표로 하고 있다.[116] 오스트레일리아에서는 퀸즐랜드 대학교에서 바이러스성 단백질을 유전적으로 변형시켜 코로나바이러스를 모방하게 하고, 면역반응을 촉진시키는 분자 클램프 백신을 연구하고 있다.[121]

같이 보기

각주

내용주
  1. ↑ 복제 지역(the replicase region). International Committee on Taxonomy of Viruses Archived 2015년 6월 4일 - 웨이백 머신
  2. ↑ C30 단백질 분해 효소(C30 Endopeptidase)
참조주
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