2017년까지 사고 해역에 1시간 이내에 출동한다는 목포를 세우고 5개의 구조대를 지역별로 설치하겠다는 계획을 세웠으나[8], 실상 자체 훈련장이 없고, 임시청사가 헬기 주기장과 멀어 출동 시간이 오래 걸린다는 논란이 있다.[1] 또한 기존의 해경 특수구조단에 비해 인력만 증원되었을 뿐 업무가 크게 다르지 않고, 그나마도 실제 인명구조를 수행하는 인원은 그의 절반 정도에 불과하다는 지적도 있으며, 전국의 해경구조대를 특수구조단과 동일한 능력을 갖추도록 훈련하는 것이 더욱 효과적이라는 지적 또한 존재한다.[9]
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