외조부 후지와라노 요시후사(藤原良房)의 후견으로 고레타카(惟喬) 친왕을 제치고 황태자가 되었으며, 몬토쿠 천황의 붕어와 함께 불과 9세의 나이로 즉위하여, 요시후사가 외척으로서 정치의 실권을 잡았다.
조간 8년(866년)에는 도모노 요시오(伴善男) 등에 의한 것으로 여겨지는 응천문(應天門) 방화사건(응천문의 변)이 발생했다. 도모노 요시오를 신뢰하던 천황은 사건을 해결한 요시후사에 사양하는 형태로 조간 6년(864년)에 요시후사를 정식으로 섭정에 임명했다.(이때 천황은 이미 원복한 뒤로 굳이 섭정이 필요하지 않았다.)
조간 18년(876년) 제1황자였던 9세의 사다아키라(貞明) 친왕(요제이 천황)에 양위하였다. 2년 반이 지난 겐쿄(元慶) 3년(879년) 5월에 출가하여, 10월부터 기나이(畿內) 순행길에 올랐다. 이듬해 3월에는 단바(丹波) 국 미즈오(水尾) 땅으로 들어가 단식을 수반한 고행을 시작하였다. 미즈오를 자신의 은거지로 삼아 새로 절을 짓던 도중, 좌대신 미나모토노 도루(源融)의 별저였던 서하관(棲霞觀)에서 병을 얻어, 아와타(栗田)의 엔가쿠지(円覺寺)로 옮겨간 뒤 붕어하였다.
