드러그뱅크

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드러그뱅크(DrugBank) 데이터베이스는 과 약의 표적에 관한 정보를 포함하는, 종합적이고 자유롭게 접근이 가능한 온라인 데이터베이스이다.[1] 바이오인포매틱스와 화학정보학 자원 역할을 하는 드러그뱅크는 세세한 약물(예: 화학, 약물학, 제약) 데이터를 종합적인 약제 표적(예: 배열 순서, 구조, 경로)과 병합한다.[1][2] 드러그뱅크는 위키백과의 내용을 상당 부분 사용하고 있다. 위키백과 또한 드러그뱅크로 링크를 걸기도 한다.

이 데이터베이스의 최신 릴리스(버전 5.0)에는 2037개의 FDA 승인 저분자 약물, 241개의 FDA 승인 바이오테크(단백질/펩타이드) 약물, 96개의 약효식품과 6000개의 실험약을 포함한 9591개의 약물 항목을 등재하고 있다.[3] 게다가 4270개의 중요 단백질(예: 약제 표적/효소 등)의 배열 순서가 약 항목들과 연결되어 있다. 각 드러그카드 항목은 200개 이상의 데이터 필드가 있으며 여기 정보의 절반은 약/화학 데이터를 다루고 있고, 그 밖의 절반은 약 표적이나 단백질 데이터에 기여하고 있다.[3]

4개의 추가 데이터베이스 HMDB,[4] T3DB,[5] SMPDB [6] FooDB 또한 중간대사물질/화학정보학 데이터베이스의 일반적인 제품군의 일부이기도 하다. HMDB는 40,000개 이상의 인간 대사물질에 관한 정보를 포함하며, T3DB는 3100개의 일반적인 독소와 환경 오염물질에 관한 정보를 포함하며 SMPDB는 700개 정도의 인간 대사회로와 질병 경로에 관한 경로 다이어그램을 포함하며, FooDB는 28,000개 정도의 음식 성분과 식품 첨가물에 관한 정보를 포함한다.

버전 역사[편집]

드러그뱅크의 첫 판은 2006년에 출시되었다.[1]

표 1. 드러그뱅크 1.0, 2.0, 3.0, 드러그뱅크 4.0 간의 비교
분ㄹ 1.0 2.0 3.0 4.0
No. of data fields per DrugCard 88 108 148 208
No. of search types 8 12 16 18
No. of illustrated drug-action pathways 0 0 168 232
No. of drugs with metabolizing enzyme data 0 0 762 1,037
No. of drug metabolites with structures 0 0 0 1,239
No. of drug-metabolism reactions 0 0 0 1,308
No. of illustrated drug metabolism pathways 0 0 0 53
No. of drugs with drug transporter data 0 0 516 623
No. of drugs with taxonomic classification information 0 0 0 6,713
No. of SNP-associated drug effects 0 0 113 201
No. of drugs with patent/pricing/manufacturer data 0 0 1,208 1,450
No. of food–drug interactions 0 714 1,039 1,180
No. of drug–drug interactions 0 13,242 13,795 14,150
No. of ADMET parameters (Caco-2, LogS) 0 276 890 6,667
No. of QSAR parameters per drug 5 6 14 23
No. of drugs with drug-target binding constant data 0 0 0 791
No. of drugs with NMR spectra 0 0 0 306
No. of drugs with MS spectra 0 0 0 384
No. of drugs with chemical synthesis information 0 38 38 1,285
No. of FDA-approved small molecule drugs 841 1,344 1,424 1,558
No. of biotech drugs 113 123 132 155
No. of nutraceutical drugs 61 69 82 87
No. of withdrawn drugs 0 57 68 78
No. of illicit drugs 0 188 189 190
No. of experimental drugs 2,894 3,116 5,210 6,009
Total No. of experimental and FDA small molecule drugs 3,796 4,774 6,684 7,561
Total No. of experimental and FDA drugs (all types) 3,909 4,897 6,816 7,713
No. of all drug targets (unique) 2,133 3,037 4,326 4,115
No. of approved-drug enzymes/carriers (unique) 0 0 164 245
No. of all drug enzymes/carriers (unique) 0 0 169 253
No. of external database links 12 18 31 33

같이 보기[편집]

각주[편집]

  1. Wishart, DS; Knox C; Guo AC; 외. (Jan 2006). “DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration”. 《Nucleic Acids Research》 34 (Database issue): D668-D672. PMC 1347430. PMID 16381955. doi:10.1093/nar/gkj067. 
  2. Wishart, DS; Knox C; Guo AC; 외. (Jan 2008). “DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets”. 《Nucleic Acids Research》 36 (Database issue): D901–906. PMC 2238889. PMID 18048412. doi:10.1093/nar/gkm958. 
  3. Law, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D; Wilson, M; Neveu, V; Tang, A; Gabriel, G; Ly, C; Adamjee, S; Dame, ZT; Han, B; Zhou, Y; Wishart, DS (Jan 2014). “DrugBank 5.0: shedding new light on drug metabolism”. 《Nucleic Acids Research》 42 (Database issue): D1091-7. PMC 3965102. PMID 24203711. doi:10.1093/nar/gkt1068. 
  4. Wishart, DS; Guo, AC; Eisner, R; Young, N; Gautam, B; Hau, DD; Psychogios, N; Dong, E; Bouatra, S; Mandal, R; Sinelnikov, I; Xia, J; Jia, L; Cruz, JA; Lim, E; Sobsey, CA; Shrivastava, S; Huang, P; Liu, P; Fang, L; Peng, J; Fradette, R; Cheng, D; Tzur, D; Clements, M; Lewis, A; De Souza, A; Zuniga, A; Dawe, M; Xiong, Y; Clive, D; Greiner, R; Nazyrova, A; Shaykhutdinov, R; Li, L; Vogel, HJ; Forsythe, I (Jan 2009). “HMDB: a knowledgebase for the human metabolome”. 《Nucleic Acids Research》 37 (Database issue): D603-10. PMC 2686599. PMID 18953024. doi:10.1093/nar/gkn810. 
  5. Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Jan 2010). “T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets.”. 《Nucleic Acids Research》 38 (Database issue): D781-6. PMC 2808899. PMID 19897546. doi:10.1093/nar/gkp934. 
  6. Jewison, T; Su Y; Disfany FM; 외. (Jan 2014). “Small Molecule Pathway Database.”. 《Nucleic Acids Research》 42 (Database issue): D478-84. PMC 3965088. PMID 24203708. doi:10.1093/nar/gkt1067.