플루토늄-239(239Pu)는 플루토늄의 동위 원소로, 원자력 발전소에서 사용하고 남은 원료에서 우라늄-235와 함께 다량 발견되는 원소이며, 이를 재처리해서 핵연료로 사용하기도한다.
94개의 양성자와 145개의 중성자로이루어져 있다.