2003년 상무 피닉스 야구단 시즌은 상무 피닉스 야구단이 KBO 퓨처스리그에 참가한 3번째 시즌이다. 김정택 감독이 팀을 이끌었다. 팀은 북부리그 5팀 중 2위를 차지했으며, 전체 9팀 중 승률 3위를 기록했다.
