실고기과는 다음과 같이 분류한다.[ 1]
해마아과 (Hippocampinae)
실고기아과 (Syngnathinae)
Acentronura
Amphelikturus
Anarchopterus
Apterygocampus
Bhanotia
Bryx
Bulbonaricus
Campichthys
Choeroichthys
Corythoichthys
Cosmocampus
Doryichthys
Doryrhamphus - 부채꼬리실고기(D. japonicus ) 포함.
Dunckerocampus
Enneacampus
Entelurus
Festucalex
Filicampus
Halicampus - 별실고기(H. punctatus ) 포함.
Haliichthys
Heraldia
Hippichthys
Histiogamphelus
Hypselognathus
Ichthyocampus
Idiotropiscis
Kaupus
Kimblaeus
Kyonemichthys
Leptoichthys
Leptonotus
Lissocampus
Maroubra
Micrognathus
짧은꼬리실고기속 (Microphis ) - 짧은꼬리실고기 (M. brachyurus )
Minyichthys
Mitotichthys
Nannocampus
Nerophis
Notiocampus
Penetopteryx
Phoxocampus
나뭇잎해룡속 (Phycodurus ) - 나뭇잎해룡 (P. eques )
풀잎해룡속 (Phyllopteryx ) - 풀잎해룡 (P. taeniolatus ), 루비해룡 (P. dewysea )
Pseudophallus
Pugnaso
Siokunichthys
Solegnathus
Stigmatopora
Stipecampus
잘피실고기속 (Syngnathoides ) - 잘피실고기 (S. biaculeatus )
실고기속 (Syngnathus ) - 실고기 (S. schlegeli )
Trachyrhamphus - 가물가시치(T. serratus )
풀해마속 (Urocampus ) - 풀해마 (U. rikuzenius )
Vanacampus
다음은 페어클로스(Faircloth) 등의 연구에 기초한 계통 분류이다.[ 2]
1 2 Froese, Rainer; Pauly, Daniel (편집). “ Family Syngnathidae” (영어). 《 피시베이스 》 . 2015년 1월판.
↑ Longo, S.J., Faircloth, B.C., Meyer, A., Westneat, M.W., Alfaro, M.E. & Wainwright, P.C. (2017): Phylogenomic analysis of a rapid radiation of misfit fishes (Syngnathiformes) using ultraconserved elements. Molecular Phylogenetics and Evolution, May 2017. doi:10.1016/j.ympev.2017.05.002.