1999년 5월 6일에 강릉시청 축구단으로 창단했다. 2021년 1월 29일에 강릉종합경기장에서 강릉시민축구단 창립총회를 개최했다.[1] 축구협회는 K3리그 참여 조건으로 2021년까지 축구팀의 법인 운영을 제시했다. 이에 강릉시는 예산 증가의 부담 완화와 시민의 참여율을 높이기 위해 시민구단 형식으로 재단법인 설립을 추진했고, 2021년 3월 설립허가가 완료되면 강릉시민축구단 운영과 함께 유소년 축구팀 운영 및 육성, 시민 축구사랑 회원제도 시행할 예정이다.[2][3] 2021년 3월 5일 재단법인의 강릉시민축구단으로 재창단했다.[4][5]
2014년12월 3일 축구단을 운영하는 강릉시 측에서 선수들을 대거 해고하는 사태가 벌어져 논란이 있었다.[6] 이후 구단 운영비 횡령 관련하여 경찰의 수사가 있었다.[7] 선수단의 부당 운영에 대해 항의하던 서포터즈들은 강릉시 측의 지지부진한 반응에 실망, 2015년 3월 운영진 총 사퇴를 결의하고 서포터즈 운영을 중단했다.
