2016년 고사리목의 계통 분류는 다음과 같다.[1]
삭콜로마과
키스토디움과
론키티스과
비고사리과
봉의꼬리과
잔고사리과
꼬리고사리아목 (진정고사리군 II)
고란초아목 (진정고사리군 I)