다음은 고세균의 계통 분류이다.[1][2][3]
운딘고세균
후베르고세균/아이니그므고세균/나노호염고세균/나노고세균
Altarchaeota/Diapherotrites/미크르고세균
Hadarchaeota/테르모콕쿠스강
Hydrothermarchaeota/메타노피루스강/메타노콕쿠스강/메타노박테리움강
테르모플라스마강
아르케오글로부스강/메타노미크로비움강/할로박테리움강
프로테오고세균
