RNA 변형 데이터베이스

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RNA 변형 데이터베이스(RNA Motification Database)는 RNA 변형에 사용되는 데이터베이스와 웹 포털 및 서버의 모음이다. RNA 변형은 모든 살아있는 유기체에서 발생하며 RNA의 가장 진화적으로 보존된 특성 중 하나이다.[1][2][3] 모든 살아있는 유기체에서 100가지 이상의 서로 다른 유형의 RNA 변형이 특성화되었다. 이는 RNA의 활성, 국소화 및 안정성에 영향을 줄 수 있으며 인간의 암 및 질병과 관련이 있다.[1][2][3][4]

RNA 변형 데이터베이스[편집]

이름 설명 유형 링크 참고 문헌
RMBase RMBase는 고처리량 시퀀싱 데이터(Pseudo-seq, Ψ-seq, CeU-seq, Aza-IP, MeRIP-seq, m6A-seq, miCLIP, m6A-CLIP, RiboMeth-seq)의 Decoding을 위해 디자인되었다. 이는 전령 RNA, 조절 ncRNA (예: lncRNA, miRNA), 마이크로 RNA 표적 부위, RNA 결합 단백질(RBP) 결합 부위 및 질병 관련 SNP 내에 위치한 수천 개의 RNA 변형을 입증했다. 데이터 베이스 웹사이트 [5]
MODOMICS MODOMICS는 변형된 리보뉴클레오사이드의 화학 구조, 생합성 경로, RNA 변형 효소 및 RNA 서열에서 변형된 잔기의 위치에 관한 포괄적인 정보를 제공하는 RNA 변형 데이터베이스다. 데이터 베이스 웹사이트 [6]
RNAMDB Archived 2012년 7월 22일 - 웨이백 머신 RNAMDB는 자연적으로 발생하는 RNA 변형과 관련된 정보 의 초점 역할을 했다. 데이터 베이스 웹사이트 Archived 2012년 7월 22일 - 웨이백 머신 [7]
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각주[편집]

  1. Li, S; Mason, CE (2013). “The pivotal regulatory landscape of RNA modifications.”. 《Annual Review of Genomics and Human Genetics》 15: 127–50. doi:10.1146/annurev-genom-090413-025405. PMID 24898039. 
  2. Song, CX; Yi, C; He, C (October 2012). “Mapping recently identified nucleotide variants in the genome and transcriptome.”. 《Nature Biotechnology》 30 (11): 1107–16. doi:10.1038/nbt.2398. PMC 3537840. PMID 23138310. 
  3. Meyer, KD; Jaffrey, SR (April 2014). “The dynamic epitranscriptome: N6-methyladenosine and gene expression control.”. 《Nature Reviews Molecular Cell Biology》 15 (5): 313–26. doi:10.1038/nrm3785. PMC 4393108. PMID 24713629. 
  4. Jonkhout, Nicky; Tran, Julia; Smith, Martin Alexander; Schonrock, Nicole; Mattick, John S; Novoa, Eva Maria (2017년 8월 30일). “The RNA modification landscape in human disease”. 《RNA》: rna.063503.117. doi:10.1261/rna.063503.117. PMC 5688997. 
  5. Sun, WJ; Li, JH; Liu, S; Wu, J; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (2015년 10월 11일). “RMBase: a resource for decoding the landscape of RNA modifications from high-throughput sequencing data.”. 《Nucleic Acids Research》 44: gkv1036. doi:10.1093/nar/gkv1036. PMC 4702777. PMID 26464443. 
  6. Machnicka, MA; Milanowska, K; Osman Oglou, O; Purta, E; Kurkowska, M; Olchowik, A; Januszewski, W; Kalinowski, S; Dunin-Horkawicz, S (December 2012). “MODOMICS: a database of RNA modification pathways--2013 update.”. 《Nucleic Acids Research》 41 (Database issue): D262-7. doi:10.1093/nar/gks1007. PMC 3531130. PMID 23118484. 
  7. Cantara, WA; Crain, PF; Rozenski, J; McCloskey, JA; Harris, KA; Zhang, X; Vendeix, FA; Fabris, D; Agris, PF (December 2010). “The RNA Modification Database, RNAMDB: 2011 update.”. 《Nucleic Acids Research》 39 (Database issue): D195-201. doi:10.1093/nar/gkq1028. PMC 3013656. PMID 21071406.