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컴프톡스 화학 물질 대시보드

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CompTox Chemicals Dashboard
컨텐츠
설명환경 과학을 대상으로 하며 875,000개 이상의 화학 화합물, 성질, 생물 분석 데이터 및 관련 정보에 대한 접근을 제공하는 화학 데이터베이스이다.
제작
연구소환경보호청
연구실
  • 국립 계산 독성학 센터
주 인용The CompTox Chemistry Dashboard: a community data resource for environmental chemistry.[1]
액세스
웹사이트comptox.epa.gov/dashboard
다운로드 링크comptox.epa.gov/dashboard/downloads
기타
라이센스퍼블릭 도메인
데이터
공개 주기		6개월마다
배포 정책수동 큐레이션

컴프톡스 화학 물질 대시보드(영어: CompTox Chemicals Dashboard)는 미국 환경보호청(EPA)이 구축하고 관리하는 자유롭게 접근 가능한 온라인 데이터베이스이다. 이 데이터베이스는 물리화학적 성질, 환경적 운명 및 이동, 노출, 사용법, 생체내(in vivo) 독성 및 시험관내(in vitro) 생물 분석을 포함한 여러 유형의 데이터에 대한 접근을 제공한다. EPA와 다른 과학자들은 대시보드에 포함된 데이터와 모델을 사용하여 추가 테스트가 필요한 화학 물질을 식별하고 화학 물질 테스트에서 동물 사용을 줄이는 데 도움을 준다. 또한 이 대시보드는 과불화 화합물 등에 관한 EPA 실행 계획의 정보에 대한 대중의 접근을 제공하는 데에도 사용된다.[2][3]

원래 '화학 대시보드'(Chemistry Dashboard)라는 제목으로 2016년에 첫 번째 버전이 출시되었다.[4] 최신 버전의 데이터베이스(버전 3.0.5)는 875,000개 이상의 화학 물질에 대해 수동으로 큐레이션된 데이터를 포함하고 있으며, EPA의 독성 예측(ToxCast) 고속대량 스크리닝 프로그램에서 생성된 최신 데이터를 통합하고 있다.[5] 화학 물질 대시보드는 ToxCast 대시보드,[6] 내분비계 장애 스크리닝 프로그램(EDSP) 대시보드,[7] 화학 물질 및 제품 데이터베이스(CPDat)를 포함한 여러 이전 EPA 데이터베이스의 데이터를 하나의 패키지로 통합하고 있다.[8]

범위 및 접근

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CompTox 화학 물질 대시보드 데이터베이스는 광범위하게 큐레이션되고 품질 점검을 거친 고품질의 화학 구조 및 정보를 포함하고 있으며, 이는 구조 식별에 관여하는 분석 과학자들에게 자원으로 사용될 수 있다.[9]

비스페놀 A에 대한 ToxCast 생물 활성 데이터 보기

대시보드의 화학적 위험 데이터는 전통적인 실험 동물 연구와 고속대량 스크리닝 모두에서 제공된다. 고속대량 스크리닝을 통한 생물학적 데이터는 EPA의 ToxCast 프로그램에 의해 생성되며,[5] 데이터베이스의 ToxCast 데이터는 사용된 분석법과 그 반응 강도 및 효능에 대한 정보를 제공한다. 이 데이터는 생물 활성(bioactivity) 탭에서 찾을 수 있다.

화학 물질 대시보드는 웹 인터페이스를 통해 접근하거나 오프라인 사용을 위해 데이터 세트를 다운로드할 수 있다. 목록(Lists) 탭을 사용하여 특정 연구 주제(예: 담배 첨가물 또는 신경 발달 영향에 효과를 보이는 화학 물질) 또는 이들이 다루는 특정 분석 종점과 관련된 화학 물질 그룹을 찾아보고 다운로드할 수 있다.

온라인 대시보드 내에서는 제품/용도 범주, 분석법/유전자, 체계적 명칭, 동의어, CAS 등록번호, DSSTox 물질 ID 또는 InChiKey로 검색을 수행할 수 있다. 고급 검색(Advanced Search) 탭에서는 질량 또는 화학식을 기반으로 화학 물질을 검색할 수 있다. 또한 일괄 검색(batch search) 기능을 사용하여 CASRN, InChIKey, DSSTox 물질 ID, DSSTox 화합물 ID, InChIKey 스켈레톤, MS-Ready 화학식, 정확한 화학식 또는 단일동위원소 질량을 기반으로 화학 물질 그룹을 검색할 수도 있다.

기타 기능

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초록 체질(Abstract Sifter) 모듈

일반화된 유사성 추론(GenRA)이라고 불리는 자동화된 독성 예측 도구가 화학 물질 대시보드에 통합되어 있다. GenRA는 유사성 추론법에 내재된 전문가적 고려를 유지하면서도, 독성을 예측하는 데 도움이 되도록 화학 물질 선택 과정을 자동화하도록 설계되었다.[10]

또한 대시보드는 "Abstract Sifter"의 웹 기반 버전,[11] 구글 학술 검색 및 EPA의 잠정 동료 검토 독성 수치(PPRTV) 보고서와 EPA 통합 위험 정보 시스템(IRIS)을 통해 펍메드와 같은 기존 과학 문헌 소스를 검색할 수 있는 기능을 갖추고 있다.

여러 물리화학적 성질 및 독성 종점에 대한 실시간 QSAR 예측은 예측 탭을 통해 이용 가능하다.

질량 분석 지원

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MS-Ready 관계

대시보드는 질량 및 화학식을 기반으로 데이터베이스에 포함된 화학 데이터에 대한 검색을 제공하여 질량 분석법을 지원한다. 이 대시보드는 "알려진 미지물질"(known unknowns)을 찾는 비표적 분석에 적용되어 왔다.[12] 표적 질량 분석법과 비표적 질량 분석법이 모두 지원된다. 이 검색은 화학 화합물의 "MS-Ready" 형태를 기반으로 한 검색을 활용한다. 개별 화학 물질은 질량 분석법에 의해 검출될 수 있는 형태로 축소되는데, 예를 들어 염은 염이 제거되고 중화되며, 다성분 화학 물질은 개별 성분으로 분리된다.[13]

같이 보기

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각주

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  1. ↑ Williams, Antony J. 외 (2017년 11월 18일). 《The CompTox Chemistry Dashboard: a community data resource for environmental chemistry》. 《Journal of Cheminformatics》 9. 61쪽. doi:10.1186/s13321-017-0247-6. PMC 5705535. PMID 29185060.
  2. ↑ Keyt, Bryan; Lee, Thomas; Poplawski, Steven (2019년 3월 27일). “EPA Announces Per- and Polyfluoroalkyl Substances (PFAS) Action Plan: Overview and Next Steps” (영어). 《JD Supra》. 2019년 4월 21일에 확인함.
  3. ↑ Patlewicz, G 외 (Jan 2019). 《A Chemical Category-Based Prioritization Approach for Selecting 75 Per- and Polyfluoroalkyl Substances (PFAS) for Tiered Toxicity and Toxicokinetic Testing》. 《Environmental Health Perspectives》 127. 014501쪽. Bibcode:2019EnvHP.127a4501P. doi:10.1289/EHP4555. PMC 6378680. PMID 30632786.
  4. ↑ Williams, Antony J.; Grulke, Christopher M.; Edwards, Jeff; McEachran, Andrew D.; Mansouri, Kamel; Baker, Nancy C.; Patlewicz, Grace; Shah, Imran; Wambaugh, John F. (2017년 11월 28일). 《The CompTox Chemistry Dashboard: a community data resource for environmental chemistry》. 《Journal of Cheminformatics》 9. 61쪽. doi:10.1186/s13321-017-0247-6. ISSN 1758-2946. PMC 5705535. PMID 29185060.
  5. 1 2 US EPA, ORD (2015년 8월 21일). “Toxicity Forecasting” (영어). 《US EPA》. 2019년 4월 22일에 확인함.
  6. ↑ US EPA, ORD (2017년 11월 1일). “Exploring ToxCast Data” (영어). 《US EPA》. 2019년 4월 22일에 확인함.
  7. ↑ US EPA, OCSPP (2015년 8월 14일). “Endocrine Disruptor Screening Program (EDSP) in the 21st Century” (영어). 《US EPA》. 2019년 4월 22일에 확인함.
  8. ↑ US EPA, ORD (2016년 8월 4일). “Chemical and Products Database (CPDat)” (영어). 《US EPA》. 2019년 4월 22일에 확인함.
  9. ↑ US EPA, ORD (2018년 4월 30일). “Structure Identification Using the EPA's CompTox Chemistry Dashboard” (영어). 《US EPA》. 2019년 4월 23일에 원본 문서에서 보존된 문서. 2019년 4월 23일에 확인함.
  10. ↑ US EPA, ORD (2018년 9월 25일). “New GenRA Module in EPA's CompTox Dashboard Will Help Predict Potential Chemical Toxicity” (영어). 《US EPA》. 2019년 4월 23일에 확인함.
  11. ↑ Baker, N 외 (Dec 2017). 《Abstract Sifter: a comprehensive front-end system to PubMed》. 《F1000Research》 6. 2164쪽. doi:10.12688/f1000research.12865.1. PMC 5801564. PMID 29479422.
  12. ↑ McEachran, AD; Sobus JR C; Williams AJ (Dec 2016). 《Identifying known unknowns using the US EPA's CompTox Chemistry Dashboard》. 《Analytical and Bioanalytical Chemistry》 409. 1729–1735쪽. doi:10.1007/s00216-016-0139-z. PMID 27987027. S2CID 31754962.
  13. ↑ McEachran, AD 외 (Aug 2018). 《"MS-Ready" structures for non-targeted high-resolution mass spectrometry screening studies》. 《Journal of Cheminformatics》 10. 45쪽. doi:10.1186/s13321-018-0299-2. PMC 6117229. PMID 30167882.
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