단백질 가수분해 효소(Protease)는 단백질을 분해하는 효소를 통틀어 이르는 말로, 아미노산 또는 펩티드 혼합물을 만드는 효소이다. 종류에는 펩신, 펩티디아제, 트립신 등이 있다.