라마찬드란 조사구

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1963년 라마찬드란에 의해 제안된 φ,ψ 플롯
φ 와 ψ 의 이면각

라마찬드란 조사구 (Ramachandran plot)는 라마찬드란 플롯 또는 [φ,ψ] 플롯으로도 알려져 있는데 C. Ramakrishnan 과 V. Sasisekharan에 의해 1963년 처음 만들어졌다. [1] 라마찬드란 조사구는 아미노산의 ψ 와 φ 의 이면각을 나타낸 것이다. 왼쪽에 있는 그림은 이면각을 잘 나타내준다. [2] 펩티드 결합에서 ω 각도는 정상적으로 180°이다. 그 이유는 부분적인 이중결합으로 인해 O=C-N-H가 펩티드 평면을 이루기 때문이다. [3] 오른쪽 위에 있는 그림은 가능한 φ,ψ 영역을 보여주는 것이다. [4] 이면각 값은 0° 가 360° 와 같다. 그러므로 라마찬드란 조사구는 왼쪽-오른쪽, 위-아래가 연결된다.

인간PCNA를 라마찬드란 조사구로 만든 것이다. 인간PCNA는 삼량체 DNA클램프 단백질로 알파 나선베타 판구조를 모두 가진다. (PDB ID: 1AXC) 빨간색: 선호, 갈색: 허용, 노란색: 관용적으로 허용 by ProCheck

참고문헌[편집]

  1. (1963년) Stereochemistry of polypeptide chain configurations. 《Journal of Molecular Biology》 7: 95–9. PMID 13990617. doi:10.1016/S0022-2836(63)80023-6.
  2. (1981년) Anatomy and Taxonomy of Protein Structures. 《Advances in Protein Chemistry》 34: 167–339. PMID 7020376. doi:10.1016/S0065-3233(08)60520-3.
  3. (1951년) The Structure of Proteins: Two Hydrogen-Bonded Helical Configurations of the Polypeptide Chain. 《Proceedings National Academy of Sciences USA》 37 (4): 205–211. PMID 14816373. doi:10.1073/pnas.37.4.205.
  4. (1968년) Conformation of polypeptides and proteins. 《Advances in Protein Chemistry》 23: 283–437.